Организаторами заговора в столице Великого княжества Литовского были инженерный полковник Якуб Ясинский и обозный великий литовский Кароль Прозор. В заговор были вовлечены патриотически настроенные польско-литовские французские агенты, размещенные за пределами Вильны.

Численность польской армии в Вильне насчитывала около 400 человек.

В самой Вильне дислоцировался русский военный гарнизон (около 2 тыс. солдат и 19 орудий) под командованием генерал-майора Николая Дмитриевича Арсеньева.

11 апреля в Вильне были арестованы многие активные организаторы будущего заговора. 21 апреля в Вильну прибыл гетман великий литовский Шимон Мартин Коссаковский (1741-1794), который посоветовал провести новые аресты среди польских заговорщиков и наступательные операции против польских войск, дислоцированных в окрестностях Вильны.

В ночь с 22 на 23 апреля 1794 года в литовской столице вспыхнуло вооруженное восстание. Отряд литовских войск под предводительством Якуба Ясинского внезапно напал на русский гарнизон. 23 апреля Вильно уже было под контролем повстанцев.  

Русский комендант генерал-майор Николай Арсеньев, 50 офицеров и до 600 нижних чинов были взяты в плен. Русские войска в беспорядке отдельными группами покинули город, прокладывая путь огнём и штыками.

Майор Николай Алексеевич Тучков (1765-1812) собрал бегущих солдат и к 8 часам утра вывел из города до 700 человек при 12-ти пушках и  с этим отрядом вернулся к литовской столице. По его приказу солдаты подожгли предместье Вильны, а артиллеристы установили пушки на одном из холмов и открыли огонь по центру города. Против Тучкова восставшие отправили тысячу пехотинцев при четырёх пушках. Казаки притворным отступлением выманили их на пушки, открывшие огонь картечью. Атака была отбита. К полудню Тучков собрал уже около 2 200 человек, но вечером к противнику прибыло подкрепление, и ночью Тучков увел своих солдат в Гродно.

24 апреля на Ратушной площади был провозглашен «Акт восстания литовского народа», в котором было заявлено о единстве целей виленского восстания с польским восстанием под предводительством Тадеуша Костюшко.

В тот же день была создана Наивысшая Временная Рада Великого княжества Литовского во главе с виленским главой Антонием Тизенгаузом. В состав Наивысшей Рады ВКЛ вошло 29 знатных виленских горожан. Была создана депутация для руководства войском, администрацией и казной. Во главе литовских повстанческих сил стоял полковник Якуб Ясинский, назначенный комендантом Вильны.

4 июня 1794 года Тадеуш Костюшко отстранил Якуба Ясинского от руководства Наивысшей Рады ВКЛ, а 10 июня разогнал Раду, заменив ей более умеренной Центральной депутацией ВКЛ. Вместо Якуба Ясинского главнокомандующим повстанческими войсками ВКЛ был назначен генерал-лейтенант Михаил Юрьевич Виельгорский.

19 июля Вильну осадила русская армия под командованием генерал-майора Богдана Фёдоровича Кнорринга (1746-1825). Обороной литовской столицы руководил генерал Михаил Виельгорский. Вильну обороняли около 500 солдат регулярных войск и около 1 500 вооруженных ополченцев. Под командованием Б. Ф. Кнорринга было 8 тысяч солдат и несколько орудий. Двухдневные ожесточенные бои привели к тяжелым потерям в рядах русских войск. Вильно остался в руках повстанцев.

В августе Михаил Виельгорский подал в отставку, так как сильно страдал от ран,  вместо него Тадеуш Костюшко назначил генерал-лейтенанта Станислава Мокроновского  (1761-1821), хорошо проявившего себя во время восстания в Варшаве.

11 августа русские войска под командованием Бориса Кнорринга (12 000 солдат и сильная полевая артиллерия) предприняли вторую атаку на Вильну. Обороной литовской столицы руководил генерал-лейтенант Антоний Хлевинский (1750-1800). Виленский гарнизон капитулировал и 14 августа жители Вильны  подписали акт о лояльности к России.