По разделу 1772 г. государственная граница Речи Посполитой и России разделила Полоцк на две части, в  городе теперь уже стояли литовская мытная камора и российская таможня. Комиссия скарбовая добровольно делегировала свои полномочия Комиссии скарбовой обоих народов как центрального органа Речи Посполитой в области финансов и экономики, в т.ч. надзорного органа за таможнями. Новая комиссия состояла из двух подскарбиев, 16 комиссаров, 8 шляхетских послов, 2 сенаторов, 6 адвокатов от городов – все в равном представительстве от Короны и Княжества, она подчинялась Страже законов сейма (Совет министров). В мае 1792 г. король Речи Посполитой Станислав издал Универсал к чинам таможенных камор. Это был последний правовой акт, касающийся таможенного дела в Речи Посполитой. После этого, в условиях войны и ликвидации государства, таможенная система ВКЛ окончательно распадается.

Комиссия была ликвидирована в  августе 1792 г. Тарговитской конфедерацией с одновременным восстановлением отдельных скарбовых комиссий для Короны и ВКЛ, которые были подчинены Гродненским сеймом Постоянному Совету. Во главе вновь созданной Комиссии скарбовой ВКЛ, в качестве ее председателя - великого подскарбия литовского был Михаил Клеафас Огинский.

В мае 1794 г. Комиссия самораспустилась, так как ее члены в своем большинстве присоединились к начавшемуся в апреле 1794 г. восстанию под руководством Т. Костюшко. В ноябре 1794 г. восстание было подавлено, а в октябре 1795 г. произошел третий окончательный раздел Речи Посполитой, и теперь уже вся территория ВКЛ вошла в состав Российской империи, где функционировала своя оригинальная таможенная система.