В 1795 году перешёл в статскую службу с переименованием в действительные статские советники. С 20 октября 1795 года по 12 декабря 1796 года и с 5 марта 1797 года по 1802 год занимал пост губернатора Саратова. В 1798 году утвердил штат саратовской городской полиции, в который вошли полицмейстер, три пристава, шесть квартальных и 60 человек десятских, при этом город был разделён на три части и шесть кварталов, в 1799 году заложил каменное здание для главного Народного училища, активно восстанавливал город после сильных пожаров 1800 и 1801 годов. С 1796 по 1797 год – губернатор Тамбова, в 1803 году – тайный советник, с 26 июня 1803 года по 25 марта 1812 года - губернатор Гродно, в октябре 1809 года – сенатор.

Во время Отечественной войны 1812 года заведовал интендантским управлением. После занятия российскими войсками территории Герцогства Варшавского назначен с 25 марта 1813 года по 1815 год генерал-губернатором Варшавского княжества, с 1814 года по 12 мая 1815 года — президент временного Верховного совета Княжества Варшавского. 15 июня 1815 года назначен наместником Королевства Польского, что повлекло за собой заботы по введению нового порядка управления. 19 ноября 1815 года назначен членом польского Государственного совета. С 4 ноября 1819 года по 1828 год - председатель Комиссии по принятию прошений, на Высочайшее Имя приносимых, 22 февраля 1824 года возглавил Комиссию по сооружению Исаакиевского собора в Санкт-Петербурге. С 29 августа 1823 года по 19 апреля 1828 года управлял Министерством внутренних дел, предпринял ряд мер по упорядочению и регламентации деятельности министерства, преобразовал канцелярию политической полиции в 3-е отделение Собственной Его Императорского Величества канцелярии, возглавленную генерал-адьютантом Александром Христофоровичем Бенкендорфом (1781-1844). Умер в 1831 году в возрасте 78 лет.

18 декабря 1812 года (то есть когда Наполеон и остатки основной армии французов уже покидали пределы Российской империи) Макдональд начал отступление из Прибалтики к Тильзиту на Немане. Маршал отходил с немецко-польской дивизией, Йорк последовал за своим формальным начальником (фактически Йорк перестал подчиняться Макдональду) на два дня позже, и в результате задержки был перехвачен 24 декабря русским авангардом армии Витгенштейна.

Командир авангарда генерал Дибич вступил в переговоры с Йорком. Русских сил (1400 человек, в основном казаки, 6 орудий) было недостаточно, чтобы задержать 14—17 тысяч солдат Йорка.  25 декабря Дибич встретился с Йорком, и, не скрывая малых сил своего отряда, высказал намерение отбить у пруссаков обоз и часть артиллерии. Йорк обозначил свои сомнения, тем не менее продолжил продвижение к границе. Клаузевиц полагает, что эти маневры были нужны Йорку лишь для того, чтобы дождаться подхода русских сил и заключить договор под влиянием как бы внешних непреодолимых обстоятельств.

Таурогенское соглашение, заключённое генералом Йорком вопреки воле своего короля, привело в движение политику Пруссии, в результате чего Пруссия отпала от Наполеона и вступила в союз с Россией против Франции.

В Берлине, столице Пруссии, стоял 6-тысячный французский гарнизон. Прусский король заявил, что Йорк предстанет перед военным судом, и послал генерала Гатцфельда в Париж с официальными извинениями, но одновременно развернул тайные переговоры с Россией и Австрией. В Восточную Пруссию вошли русские войска. Среди широких слоёв прусского общества начались волнения, направленные на освобождение от подневольного союза с Наполеоном и фактической оккупации части Пруссии французскими войсками. На волне патриотического подъёма добровольцы тысячами записывались в армию, армия стала выходить из повиновения королю.

28 февраля 1813 года фельдмаршал Кутузов и военный руководитель Пруссии Шарнхорст подписали военный договор против Франции. К 4 марта вооружённые силы Пруссии благодаря мобилизации достигли 120 тысяч солдат, почти утроившись за 3 месяца.

17 марта 1813 года прусский король объявил войну Франции, и в тот же день генерал Йорк был признан невиновным.

По итогам разгрома наполеоновской армии в России прусский корпус генерала Йорка фон Вартенбурга оказался окружен русскими войсками и его командир, под давлением своих офицеров и полагая, что наступило время отделиться от Наполеона, на свой страх и риск предпочел заключить 18 (30) декабря 1812 года с русским генералом Дибичем Таурогенскую конвенцию, согласно которой его корпус стал придерживаться «нейтралитета», отступая в Восточную Пруссию вплоть до решения прусским правительством вопроса о союзе с Россией.

Однако прусский король Фридрих Вильгельм III заявил публичный протест против Таурогенской конвенции и отставил Йорка от командования. Между тем, в Восточной Пруссии при известии о Таурогенском соглашении вспыхнуло восстание. Армия Йорка расположилась в Кенигсберге, куда вскоре прибыл из России в качестве представителя Александра I бывший прусский министр Штейн, состоявший на русской службе. В Кенигсберге был созван сейм Восточной Пруссии, который постановил призвать резервистов и ополченцев. Созданная в результате этого набора шестидесятитысячная армия немедленно начала военные действия против французов. Патриотическое движение за войну с Наполеоном распространилось вопреки воле короля по всей Пруссии. 22 января 1813 года Фридрих Вильгельм III бежал из Берлина в Бреславль и оттуда тайно послал фельдмаршала Кнезебека в ставку Александра I в Калиш для переговоров о союзе, которой в итоге и был заключен.

Калишский союзный договор явился важным звеном в создании шестой коалиции европейских держав против Наполеона и политической и военной изоляции Франции. 27 марта 1813 года Пруссия объявила войну Франции.

Рейхенбахские конвенции 1813 года — три конвенции, подписанные с небольшим промежутком в 1813 году в Рейхенбахе (ныне Дзержонюв, Польша).

Первые две конвенции, субсидные, между Пруссией и Великобританией и между Россией и Великобританией о союзе в войне с Наполеоном и английских субсидиях были заключены 2 (14) июня и 3 (15) июня соответственно. По ним, Великобритания предоставляла Пруссии субсидии на сумму 666 666 фунтов стерлингов, в обмен на обязательства выставления Пруссией 80-и тысячной армии в продолжавшейся войне, а также уступки Прусским королём княжества Хильдесхайм Ганноверу, а также Великобритания предоставляла России субсидии на сумму 1 333 334 фунтов стерлингов, с тем, чтобы последняя содержала в войне 150-и тысячную армию.

Третья конвенция, между Россией и Пруссией, с одной стороны, и Австрией — с другой, была заключена 15 (27) июня. Она была подписана: от России — графом К. В. Нессельроде (которому ассистировал фон Анштетт), от Пруссии — князем К. А. Гарденбергом, от Австрии — графом Стадион-Таннгаузеном и завершила переговоры о присоединении Австрии к 6-й антинаполеоновской коалиции. Предусматривала составление общего плана военных действий, намечала основы послевоенного устройства Европы.

Согласно Рейхенбахской конвенции Австрия брала на себя посредничество при переговорах с Наполеоном. По настоянию Австрии требования союзников были ограничены следующими условиями:

• уничтожение герцогства Варшавского и раздел его между тремя союзными державами;
• присоединение к Пруссии Данцига и очищение французами всех крепостей в Пруссии и герцогстве Варшавском;
• возвращение Австрии иллирийских провинций;
• восстановление независимых ганзейских городов — Гамбурга и Любека.

В случае отказа Наполеона принять эти условия позднее 20 июля, Австрия обязывалась вступить в войну против него, выставив 150-тысячную армию. Рейхенбахская конвенция предусматривала составление общего плана военных действий и заключение мира только по общему соглашению союзников. После безрезультатных переговоров на Пражском конгрессе Австрия 10 августа 1813 года объявила войну Наполеону.

Работа конгресса, по существу, носила формальный характер. Австрийский представитель Меттерних, выполнявший роль посредника в переговорах, стремился убедить Наполеона пойти на уступки союзникам и вывести французские войска с территорий других европейских государств, сохраняя целостность Франции в границах по Рейну. В этом случае Австрия надеялась занять господствующее положение в Центральной  Европе и быть главным арбитром в европейской политике. Наполеон не соглашался на предложенные условия и по-прежнему преследовал цель не только сохранить созданную им империю, но и расширить её. В создавшейся обстановке Австрия предъявила Наполеону ультиматум, условия которого были заранее согласованы с Россией и Пруссией. Они сводились к следующим требованиям: раздел Великого герцогства Варшавского между Россией, Пруссией и Австрией, возвращение Австрии Иллирийских провинций; присоединение Данцига к Пруссии и очищение всех прусских крепостей от французских войск; признание независимости ганзейских гг. Гамбург и Любек; восстановление независимости Нидерландов и Испании; отказ Наполеона от протектората Рейнского союза и взаимная гарантия неприкосновенности государственных границ, установленных договором о мире. 10 августа, в момент окончания перемирия, ещё до получения ответа от французской стороны (он поступил 11 августа, Наполеон согласился лишь на отказ от герцогства Варшавского, Иллирийских провинций и Испании), Меттерних объявил о закрытии конгресса и вступлении Австрии в войну на стороне антифранцузской коалиции, вооруженные силы которой к этому времени (свыше 1 млн. чел.) значительно превосходили силы Франции. Так фактически была оформлена шестая антифранцузская коалиция европейских держав, хотя юридически она была создана Теплицкими союзными договорами 1813.

После разгрома Наполеона в Битве народов под Лейпцигом в октябре 1813 года к коалиции присоединились германские государства Вюртемберг и Бавария.

Независимо с Наполеоном на Пиренейском полуострове воевали Испания, Португалия и Англия. Активные боевые действия велись в течение года с мая 1813 года до апреля 1814 года с 2-месячным перемирием летом 1813 года. В 1813 году война против Наполеона велась с переменным успехом на территории Германии, главным образом в Пруссии и Саксонии. В 1814 году боевые действия переместились на территорию Франции и завершились к апрелю 1814 года взятием Парижа и отречением Наполеона от власти. Немецкая историография выделяет в самостоятельный эпизод этой войны Освободительную войну в Германии, оказавшую решающее влияние на создание через полвека Второго Рейха. В российской историографии война Шестой коалиции известна также как «Заграничный поход русской армии 1813—1814 годов».

10 ноября во Франкфурте Меттерних в присутствии графа Нессельроде и английского министра лорда Эбердина вручил захваченному в плен при Лейпциге французскому дипломату барону Сент-Эньяну адресованные Наполеону мирные предложения, согласно которым Наполеон должен был отказаться от завоеваний в Германии, Голландии, Италии и Испании, но союзники соглашались оставить Францию в «естественных» пределах, ограничив её Рейном, Альпами и Пиренеями. Наполеон отказался принять представленные условия, но желая протянуть время для новой мобилизации, заявил через своих дипломатов о готовности вступить в переговоры с союзниками. В ответ союзники 19 ноября (1 декабря) 1813 года издали во Франкфурте прокламацию о том, что они ведут войну не против Франции, а против наполеоновского преобладания, имевшего гибельные последствия для Европы и самой Франции; изъявляя желание, чтобы Франция была могущественна и счастлива, они объявили, что хотят быть также спокойны и счастливы и что не прежде положат оружие, как обеспечив будущность Европы прочным миром.

В первых числах января союзники начали кампанию 1814 года вторжением во Францию. Наполеон остался один с Францией против наступающей Европы, что привело в апреле 1814 года к его первому отречению от престола.