В конце сессии возвратился на службу и с 1792 по 1793 год служил в Рейнской Армии под командованием генерала Кюстина, 29 июня 1792 года – подполковник, 2 апреля 1793 года – бригадный генерал (утверждён в чине 17 августа 1793 года), до 21 июля 1793 года исполнял обязанности коменданта Майнца. После сдачи крепости пруссакам был вызван в Париж, предстал перед специальной комиссией Конвента  и 7 августа полностью оправдан. С 17 августа по 6 октября 1793 года служил в Вандее  в составе Армии Ла-Рошели. Отличился в сражениях при Сен-Симфорьене  и Шоле. 8 ноября 1793 года арестован по приказу Комитета общественного спасения, но 4 августа 1794 года освобождён из тюрьмы Аббатства и реабилитирован, а 8 августа 1794 года восстановлен в чине. 4 февраля 1795 года – дивизионный генерал, служил в Армии Восточных Пиренеев, с 20 апреля по 11 ноября 1795 года возглавлял Армию Шербура. 3 ноября 1795 года получил портфель военного министра, но уже 8 февраля 1796 года подал в отставку вследствие конфликта с генералом Карно. Вместе с тем, Директория признала услуги, оказанные генералом Обером-Дюбайе и в тот же день назначила его послом в Турцию. Прибыл в Константинополь в сентябре 1796 года и 17 января 1797 года был принят султаном Селимом III-м как официальный представитель Французской Республики, восстановив, тем самым, дипломатические отношения с Блистательной Портой. Умер от лихорадки 7 декабря 1797 года в Константинополе в возрасте 40 лет, похоронен в квартале Пера.

В январе 1793 года он присоединился ко 2-му батальону волонтёров Роны и Луары. 3 августа 1793 года стал адъютантом генерала Обера-Дюбайе. Служил в Армии Бреста. Участвовал в боевых операциях против роялистов в Вандее. В начале 1796 года был отозван в Париж и причислен к Военному министерству. 19 февраля 1796 года вместе с генералом Обером-Дюбайе был направлен с дипломатической миссией в Турцию, выполнял функции первого секретаря французского посольства в этой стране. 17 октября получил новое назначение, и стал генеральным консулом в Валахии. После смерти 17 декабря 1797 года генерала Обера-Дюбайе занял пост временного поверенного в делах Франции в Турции, и оставался в этой должности до лета 1798 года. 25 февраля 1799 года присоединился к Итальянской армии, и вскоре в одном из боёв был ранен ядром в бедро. В ноябре этого же года женился на вдове Обер-Дюбайе, а затем был назначен в комиссию, призванную проверить институт ветеранов. 14 мая 1800 года возглавил 2-ю бригаду дивизии генерала Моннье в Резервной армии. С 30 мая исполнял функции коменданта Ивреи. 12 июня присоединился к главным силам, и 14 июня отличился в сражении при Маренго. В июле возглавил 3-ю дивизию Итальянской армии и сразился с австрийцами на берегах Магры. 15 марта 1801 года возглавил бригаду в пехотной дивизии генерала Сульта Южного наблюдательного корпуса. 22 сентября 1802 года возглавил пехоту 1-го военного округа. 27 августа 1803 года был произведён Наполеоном в дивизионные генералы, и через три дня возглавил 2-ю пехотную дивизию в Байонне. После разрыва Амьенского мирного договора возглавил французские войска в Неаполитанском королевстве. В ходе кампании 1805 года отвечал за оборону побережья Гравлин.

Наполеон был разочарован его действиями, но, тем не менее, 30 марта Карра-Сен-Сир был назначен командиром пехотной дивизии 1-го армейского корпуса Вандама. В октябре оборонял реку Эмс. 25 декабря возглавил 3-ю пехотную дивизию в том же корпусе. С февраля 1814 года занимал пост коменданта Валансьена, Бушена и Конде.

После возвращения Бурбонов был назначен 27 июля 1814 года губернатором Гвианы. Однако, когда Наполеон вернулся из ссылки в 1815 году, Карра-Сен-Сир всё ещё находился во Франции. Тем не менее, он не принимал активного участия в «Ста днях». Оставался в должности губернатора Гвианы до 1819 года. В 1824 году вышел в отставку.