На просторах польской Украины на протяжении всего XVIII века продолжалась борьба за души между униатами и православными (дизуниатами, как их называли с XVII века). Там  тлел социальный конфликт между шляхтой и крепостными, который иногда принимал насильственную форму. Поскольку знать была в подавляющем большинстве католической, и часто пыталась навязать крестьянам унию, защита православия стала одной из основных форм крестьянского сопротивления. С необычной силой она проявилась в 1768 году во время крестьянского восстания под названием Колиивщина. В то же время сформировалась Барская конфедерация, против которой вмешались российские войска. Хотя россияне были вовлечены в борьбу с Колиивщиной, утвердилось мнение, что восстание было результатом российского заговора.

Когда в напряженной ситуации, связанной с ликвидацией российского протектората сеймом, названным позже четырехлетним, начали циркулировать новости о подготовке крестьянами бунта, многие политики и публицисты устремили подозрения на православное духовенство. Жертвами репрессий стали десятки невинных духовных лиц, крестьян, малороссийских купцов и обычных бродяг — арестованных, допрошенных, заключенных в тюрьму, подвергнутых пыткам, и часто казненных на основании показаний лиц, которые пытались таким образом защитить свою жизнь. Задержан был даже предстоятель Православной Церкви в Речи Посполитой епископ Виктор Садковский.

Эти события обратили внимание политической элиты на непосредственное подчинение православного духовенства в Речи Посполитой российским властям. Уже в марте король Станислав Август получил от Екатерины II согласие на удаление из молитв в польских и литовских церквях имен ее и великих князей, а также просьб о победе русского оружия. Затем сейм приказал всем православным священникам присягнуть на верность королю и Речи Посполитой. Была назначена депутация для выяснения причины бунтов. Первая (и, как оказалось, последняя) часть ее отчета была представлена в марте 1790 года. В нем ничего не говорилось о восстании, однако, были сделаны широкие исторические выводы о социально-религиозных конфликтах в Украине и роли России в различных несчастьях Речи Посполитой. Все это привело депутацию к выводу о необходимости полной независимости Православной Церкви в Речи Посполитой от России и повышения статуса везде ограниченных униатов.

Сейм согласился с этими выводами и начал переговоры с Константинопольским патриархом, в то же время начались консультации с представителями местных православных. После определенных перепетий в марте 1791 года Сейм издал указ о созыве 15 июня в Пинске конгрегации представителей духовенства и светских православных из Короны и Великого княжества, чья лояльность в отношении государства была безупречной.

В воскресенье 3 июля праздновали счастливое окончание работы. Была отправлена торжественная литургия, стреляли из оружия, а также в центре города была воздвигнута триумфальная арка, которая показывала победу восходящего солнца над тьмой. Там также было помещено изображение короля и гербы Польши и Литвы в окружении цитат из Писания, подчеркивающих пользу, которая исходит от мира между соотечественниками. В расставленных рядом палатках «для многочисленных гостей и местной знати греко-восточного исповедания был дан вечером большой пир, где разнообразные напитки в течение всей ночи вдоволь поставлялись». На следующий день депутат Кохановский отправился в Варшаву, чтобы представить резолюции в Сейм для утверждения.
Важным нововведением стало создание в Речи Посполитой «верховного национального церковного правительства», независимого от внешних влияний, и только в вопросах догматики подчиняющегося авторитету Патриарха Константинопольского. На практике это приравнивалось к автокефалии. Иерархия состояла из одного митрополита и трех епископов, которые бы образовали «национальный» Синод. Также должна была существовать генеральная консистория, которая бы избиралась каждые четыре года на Синодальном собрании из делегатов от духовенства и верующих. Структура польско-литовской Православной Церкви должна была быть основана на принципе избрания и взаимной ответственности духовенства и верующих за Церковь.

Проект Пинской конгрегации был благосклонно принят большинством политической элиты, однако, он встретил сопротивление сановников Католической Церкви обоих обрядов. Они боялись роста влияния восстановленной Православной Церкви, которая могла бы привлечь часть униатов. Кроме того, сама модель чисто «национального» обустройства Церкви, давая представителям верующих такое широкое участие в управлении, вызвало беспокойство в качестве потенциальной модели для атак на прерогативы духовенства и связи Католической Церкви с Римом.

По общему убеждению, эмансипация Православной Церкви должна была укрепить лояльность ее верующих и предотвратить их сотрудничество с российскими войсками. 21 мая 1792 года краковский депутат Станислав Солтык утверждал, что хотя граждане Речи Посполитой говорят на разных языках и являются последователями различных религий, свобода и справедливость будет объединять их перед лицом опасности. Проект был утвержден большинством 123 голосов против 13 голосов оппозиции. Православная генеральная консистория универсалом от 1 июня приказала отправление во всех монастырях и приходах литургий благодарности и провозглашение проповедей о долге верности и любви к Речи Посполитой. С поражением майской Конституции было похоронено также «Верховное национальное церковное правительство».