Её родители развелись, когда она была ещё ребёнком. Выросла в семье родственников в поместье недалеко от Вильно. Получила соответствующее своему аристократическому статусу образование: общеобразовательные предметы, музыку и рисование ей преподавали домашние учителя. Домашним учителем рисования юной Софии был известный литовский художник, будущий профессор живописи Виленского университета Ян Рустем. В доме Софии говорили по-французски и этот язык стал для неё родным. Весной 1812 года юная графиня София познакомилась с российским императором Александром I. У них сложились дружеские отношения, которые поддерживались до конца жизни российского монарха.

После войны вышла замуж за сына французского дипломата и деятеля культуры графа Огюста де Шуазёль-Гуфье Антония Людвига Октавия Шуазёль-Гуфье (1773—1840). Жила с мужем во Франции, где была представлена ко двору Людовика XVIII. Была знакома с Александром Дюма отцом и многими другими видными европейскими писателями своего времени. Овдовев, летом и весной жила в своей усадьбе Плателяй, где перестроила центральное здание по своему проекту. В холодное время года много путешествовала по Европе. Последние годы проживала в Ницце, где и скончалась 28 мая 1878 года. Крестным отцом её единственного сына Александра (1821—1896) был российский император Александр I.

София Шуазёль-Гуфье является одной из первых женщин-писателей в истории Литвы. Писала на французском языке. Большая часть её произведений — это исторические романы, которые основаны на реальных событиях и посвящены жизни женщин современной ей польско-литовской знати Российской империи. В одном из первых своих первых рассказов «Ванда и Радигер» она высказывала надежду на возрождении Польши благодаря Наполеону.

Также интересным историческим источником являются её мемуары «Воспоминания графини Шуазель-Гуфье об императоре Александре I и императоре Наполеоне» (1-е издание — 1829 год, также издавались в 1862 и 1879 годах), рассказывающие о времени царствования Александра I, Отечественной войны 1812 года и заграничных походов русской армии 1813—1814 годов через призму взглядов польско-литовской дворянки, поддерживающей русского императора и его политику. Значительное внимание в мемуарах графини уделено императорам Александру I и Наполеону I, а также фельдмаршалу М. И. Кутузову, с которыми она была лично знакома. Также описана судьба Вильно во время французской оккупации и освобождения русской армией в ходе Отечественной войны 1812 года (графиня была свидетелем этих событий).

Реквизиции на нужды оккупационной армии в 380 000 человек истощили его. Император Александр I учредил временный верховный совет для управления делами герцогства во главе с генерал-губернатором В. С. Ланским. Командование армией было поручено фельдмаршалу Барклаю де Толли. Сосредоточивались польские дела в руках графа Аракчеева, что в достаточной мере определяет общий характер управления.

Несмотря на обещанную амнистию и вопреки желанию генерал-губернатора, лишь на основании доноса граждан подвергали аресту и высылке. В начале 1814 года польское общество оживила надежда на улучшение его участи. Император облегчил постои, сократил налоги и разрешил сформировать из польских солдат корпус под командой генерала Домбровского. Организацией войска руководил великий князь Константин Павлович. Позже император образовал гражданский комитет, предложивший заменить кодекс Наполеона новым польским кодексом, наделить крестьян землёй и улучшить финансы.

Между тем на Венском конгрессе (1814—1815), переделывавшем на новый лад карту Европы, герцогство породило распри, чуть не обернувшиеся новой войной. Александр I желал присоединить к своей империи всё Варшавское герцогство и даже другие земли, когда-то входившие в состав Речи Посполитой. Австрия усматривала в этом опасность для себя. 3 января 1815 года был заключён тайный союз между Австрией, Англией и Францией для противодействия России и Пруссии, сблизившихся между собой. Ситуация в корне изменилась, когда из ссылки на острове Эльба вернулся Наполеон и обнаружил в Фонтенбло секретный англо-австро-французский договор, который он незамедлительно отправил русскому императору. Однако Александр, считая Наполеона большей опасностью, ограничился лишь представлением австрийскому послу Метерниху. В конце концов Александр I пошёл на компромисс: он отказался от Кракова в пользу Австрии, а от Торна и Познани — в пользу Пруссии. Большая часть Великого герцогства Варшавского была присоединена «на вечные времена» к Российской империи под именем Царства Польского (3 мая 1815 года), которое получало конституционное устройство.