Королевство Польское и Великое княжество Литовское имели тесные связи и ряд заключенных с 14-го века персональных и межгосударственных уний. Необходимость заключения новой унии возникла у ВКЛ к концу 60-х годов 16-го века из-за неудач в борьбе с Московским княжеством в ходе Ливонской войны, начавшейся в 1558 году. Многим магнатам и шляхте, находившимся у власти, стало понятно, что поражение в войне приведет к потере большинства земель, принадлежавших Великому княжеству Литовскому. Было очевидно, что ВКЛ для борьбы с Московским княжеством нужен союзник. Из соседей ВКЛ главным претендентом была Польша, с которой у ВКЛ был общий монарх Сигизмунд II Август. Большая часть крупных магнатов ВКЛ считала, что будет достаточно только военно-политического союза с Польшей. Они хотели сохранить полную независимость и не допустить поляков к собственности ВКЛ. Мелкая шляхта, наоборот, стремилась к объединению с Польшей, чтобы получить такие же права и вольности как у польской шляхты. Под нажимом магнатов ВКЛ великий князь литовский и король польский Сигизмунд II Август издал привелей с обещанием сохранить ВКЛ и нигде не упоминать о его подчиненности Польше. 23 декабря 1568 года делегация ВКЛ из Воинова отбыла на сейм в Люблин.

Во время совещания между польскими сенаторами и литовскими членами совета вельмож Ходкевич сказал, что "наши народы (т.е. литовцы и русские) и мы (т.е. члены совета вельмож) - честные и достойные люди, а что касается наших свобод, то мы равны любому другому народу, включая и вас, господа поляки. Нам бы не хотелось заключать унию, прежде чем мы установим добрый порядок в нашем содружестве и покажем вам, что вы заключаете союз с друзьями, равными вам по достоинствам и внутреннему устройству. В первую очередь, мы должны решить этот вопрос с нашим собственным государем (т.е. Сигизмундом Августом, как великим князем литовским). Только после этого мы будем рады обсудить унию с вами. Король (т.е. Сигизмунд Август, как король Польши) ничего в вопросе об унии не решает. Это исключительно наше дело, поскольку мы свободные люди и христиане. Никто не может вести наших дел, кроме нас самих как это делали наши предки".

28 февраля Литовской делегации было объявлено, что отныне заседания сейма будут проходить совместно, а Сигизмунд II Август поддержит польский проект унии и объявит свое решение.
В ответ на такое заявление 1 марта делегация ВКЛ демонстративно покинула сейм, а отдельные представители начали уезжать из Люблина. В ответ, чтобы принудить Литовскую делегацию Сигизмунд Август даёт согласие на требования польской стороны присоединить к Польше Подльяшие, Волынь, Киевское и Брацлавское воеводства. Литвинам ничего не оставалось делать, как снова вернуться за стол переговоров, тем более что союз им нужен был больше чем полякам.
Переговоры вновь возобновились 5 апреля. Снова начались споры по проекту унии и других условий создания союзного государства. Они продолжались до 28 июня 1569 года, в этот день обе стороны согласились подписать компромиссный вариант акта унии. В этом варианте Люблинская уния содержала следующие пункты:
• Польское королевство и Великое Княжество Литовское объединялись в конфедеративное государство Речь Посполитая (Республика Обоих Народов);
• общий (вильный) сейм созывается в Польше;
• избирается общий монарх, который коронуется только в Кракове и не возводится на престол ВКЛ в Вильно. Ему присваивается титул король Польский и Великий князь Литовский, Русский, Прусский, Мазовецкий, Жемойтский, Киевский, Волынский, Подляшский и Лифляндский;
• сохранялись отдельная администрация ВКЛ, отдельные права и законы, территория ВКЛ и государственные границы, войско, казна и правовая система.

Акт Люблинской унии о соединении двух государств в Речь Посполитую был оформлен в виде договора-привилея, закреплённого постановлением Люблинского сейма 1 июля 1569. Акт был составлен на латинском языке и содержал 28 статей. Текст акта был изготовлен в двух экземплярах, один из которых был скреплён печатями польских феодалов, а другой печатями феодалов ВКЛ, после чего стороны обменялись этими актами. Такой порядок обмена актами должен был скрыть насильственный, агрессивный и неравноправный характер унии, придав ей видимость добровольного соглашения сторон.

Хотя слияние двух народов - поляков и литовцев и было провозглашено, в договоре все-таки упоминались "два народа", пусть и объединенные. Все еще продолжал использоваться титул "Великий князь Литовский". Все должности в правительстве и высшей администрации великого княжества остались нетронутыми. Великое княжество все еще сохраняло свой государственный герб. Литве было позволено пользоваться ее собственным сводом законов (статутом), хотя ей и были даны указания, пересмотреть его для координации с польским законодательством.

Мощь ВКЛ значительно ослабла из-за передачи под прямое управление Короны Польской обширных территорий, из-за чего княжество лишилось примерно трети своего населения. Ввиду значительно более высокого потенциала Польши, Люблинская уния означала фактическое поглощение литовского государства польским. Начался процесс полонизации литовской и русской шляхты, что добавило к классовым противоречиям еще и религиозный, национальный, языковой и ментальный раскол народов, населявших ВКЛ.

После Люблинской унии история ВКЛ как самостоятельного государства завершилась, хотя в состав Польши Литва полностью так и не вошла и сохранила во многом свою автономию. Отчаяние литовских вельмож в полной мере проявляется в письме Николая Радзивилла Нарушевичу, в котором автор горько сожалеет о "похоронах и уничтожении навсегда ранее свободного и независимого государства, известного как Великое княжество Литовское".

Дальнейший ход событий показал, что жизненные силы ВКЛ не были уничтожены окончательно. Опасаясь народных восстаний на территориях ВКЛ, и особенно массового перехода населения на сторону России, Польша вынуждена была согласиться на сохранение ВКЛ как самостоятельного государства, однако без южной и западной части его бывшей территории. Государственно-правовые связи между ВКЛ и Польшей после 1569 строились не на основе акта Люблинской унии, а на иных условиях, предусматривающих сохранение обособленности обоих государств, при наличии одного главы государства и единого парламента (сейма). ВКЛ было достаточно самостоятельным во внутренних делах, но ограниченным во внешнеполитической деятельности.

Исторические процессы становления государственности в 15-16 веке на территории Великого княжества Литовского весьма отличались от таких же процессов в соседних государствах, где происходило становление и укрепление абсолютистских монархий (Россия, Пруссия, Австрия, Османская Порта). Своеобразие отражалось уже в титуле великого князя - Великий князь Литовский, Русский, Прусский, Мазовецкий, Жемойтский, Киевский, Волынский, Подляшский и Лифляндский. Это означает, что ВКЛ был союзом территорий и населявших их народов, различных по языку и религиям. Здесь мирно сосуществовали католицизм, протестантизм, православие, иудаизм, ислам. Единство этих разнообразий было залогом успешного развития государства. Люди должны были жить мирно рядом и подчиняться единым законам и правилам, чтобы обеспечить защиту общего государства от врагов. Другой особенностью ВКЛ было наличие системы магнатско-шляхетской  демократии – от выборов местных сеймиков до общего выборного сейма, который значительно ограничивал власть великого князя и усиливал местную власть магнатов и шляхты.

В Царстве Польском в период заключения Люблинской унии положение религии было иным. Католическая партия, имевшая во главе высшую иерархию, которой руководил папский нунций Коммендони, стремилась как подавить протестантов, отнять у них всякое значение и уничтожить их, так и распространить свое влияние на присоединенные территории ВКЛ. Пока был жив Сигизмунд II Август, терпимо относившийся ко всяким религиозным учениям, он своим авторитетом сдерживал  проявления вероисповедной вражды. Но как только 7 июля 1572 года не стало последнего Ягеллона, в среде шляхты в полной мере проявилось разнообразие интересов вероисповедных, племенных, провинциальных и личных, что было опасно для единства и спокойствия Речи Посполитой. Ввиду этого ряд высокопоставленных магнатов считали нужным проявить благоразумие, выдвинуть на первый план идеи единения и согласия и ради них пожертвовать интересами более частного характера. Для прекращения всякого рода своеволий в каждом отдельном воеводстве на время бескоролевья были установлены каптуровые суды. Члены этих судов избирались сеймиками, и приговоры их были безапелляционны. Такие меры поддержали порядок и дали возможность шляхте более или менее спокойно готовиться к конвокационному сейму, который был первой частью процедуры избрания монарха в эпоху выборной монархии в Речи Посполитой с 1573 по 1791гг. и с 1792 по 1795 годы после наступления периода бескоролевья.

В ходе обсуждения религиозных вопросов во всей силе обозначилась вражда католиков к протестантам и решимость последних употребить все усилия на то, чтобы добиться признания со стороны сейма, являвшегося теперь распорядителем государства, полной религиозной свободы и политического равенства всех обывателей Речи Посполитой, независимо от их вероисповедных особенностей. Сейм оказался очень бурным, внутреннему спокойствию Речи Посполитой грозила большая опасность. Наиболее благоразумные и политически зрелые католики, чтобы не нарушить «згоды», начали поддерживать домогательства диссидентов. И католическая партия, несмотря на все нежелание ее руководителей, принуждена была пойти на уступки. Была постановлена так называемая Варшавская конфедерация, которой гарантировалась религиозная свобода в пределах Речи Посполитой и объявлялась широкая веротерпимость по отношению к протестантизму, фактически существовавшая и прежде, но юридически не признаваемая.

Значение этой конфедерации простиралось и на православную церковь; в ней, кроме определений, касавшихся всех вообще христианских верований, есть прямая гарантия и собственно православной церкви принадлежащих прав. Этой конфедерацией участники конвокации постановили сообща избрать в короли только того, кто даст обещание «подтвердить присягою все права, привилеи и вольности, какие есть», и какие будут поданы ему после избрания. Именно он должен подтвердить, что «будет хранить общественное спокойствие между разъединенными и различающимися в вере и богослужении людьми», ни под каким видом не будет выводить поляков за пределы Короны и без ведома и одобрения сейма не станет созывать посполитого рушения.

Так как против веротерпимости более всего ратовала высшая католическая иерархия, боявшаяся за свое материальное благосостояние и политическое значение, то католическим епископам Варшавская конфедерация гарантирует все их права и привилегии.

Немало усилий пришлось приложить сторонникам Варшавской конфедерации 1573 года, прежде чем она была принята конвокационным сеймом. Сенаторы и послы-диссиденты (а вместе с ними и православные), а также и наиболее благоразумные католики охотно приняли ее; но католическая партия и слышать о ней не хотела.

Особую роль в создании статей Акта Варшавской конфедерации сыграли:
- Миколай Сиеницкий из Боньча (ок. 1521- 1582 г.) – помещик Царства Польского, протестант, девять раз обладал званием маршала сейма, один из главных инициаторов и участников Варшавской Конфедерации, активный сторонник религиозной терпимости и необходимости национального единства, критик тактики католического духовенства, которая угрожала политической стабильности недавно основанного Содружества в непростое время междуцарствия;
- Ян Фирлей (ок. 1521 – 1574) - польский дворянин (шляхтич), кальвинистский активист, Великий Маршал Короны в 1563 году и староста Кракова в 1572 году. Около 1555 г. он основал кальвинистскую церковь в Коц и построил там семейную резиденцию;
- Ян Зборовский (1538 - 1603) - польский Гетман Короны, лютеранин, королевский секретарь Сигизмунда II Августа. Он был сторонником Варшавской Конфедерации, участвовал в восстании в Данциге.

Яков Уханский никак не мог примириться с этим и занес в те же Варшавские городские книги, от имени всех панов и послов, не подписавших конфедерацию, протест против нее. Но эти протесты со стороны католиков не могли отменить постановлений конвокационного сейма, ибо и сторонники Варшавской конфедерации не дремали, а усердно работали на сеймиках отдельных земель и воеводств. Немало воеводств принимало ее и выражало готовность стоять за все, что было постановлено на конвокации 1573 года.

Так как для того, чтобы акт Варшавской конфедерации получил силу закона, необходимо было, чтобы его подтвердил и король, то диссиденты решили употребить все усилия, чтобы добиться подтверждения конфедерации будущим королем. И они добились своего.

Актом Варшавской конфедерации фиксировалось общее желание дворянства разных вероисповеданий не допустить религиозных войн в своей стране. В этой связи стороны брали на себя обязательство установить мир между собой и не проливать кровь из-за разногласий в понимании христианской веры. Более того, различия в вере не должны были стать причиной конфискации имущества, заключения в тюрьму, лишения чести и изгнания. И участники конфедерации, а затем и монарх брали на себя обязательство не содействовать подобным действиям власти, а противостоять им, даже если они основываются на некоем судебном решении. Хотя на практике речь шла об установлении, прежде всего, своеобразного мирного соглашения между католиками и протестантами, установления конфедерации как общая норма относились ко всем христианским конфессиям на территории Польско-Литовского государства.

Прокламируя общую толерантность для граждан Речи Посполитой, акт Варшавской конфедерации предоставлял действительную религиозную свободу только шляхте и право светским и духовным папам наставлять своих подданных и карать их в делах веры. При этом от имени короля подчеркивалось, что «эта конфедерация никак не умаляет никакой власти их над подданными... и не освобождает тех от полного повиновения».

Акт Варшавской конфедерации 1573 года, который устанавливал, среди прочего, принцип верховенства закона в общественной жизни, всеобщие и свободные выборы короля (electio viritim) и принцип религиозной терпимости христианских конфессий в многоэтнической и многоконфессиональной Речи Посполитой.

Таким образом, не только граждане подчинялись всем установленным законам, но также и король, а принятая смешанная система опиралась на идею свободы граждан. Эти достижения политической культуры польско-литовского союза не имели себе равных ни в одной другой стране того времени.

Акт Варшавской конфедерации ввел новые законы религиозной терпимости в Речи Посполитой в масштабах, невообразимых тогда в Европе. Варшавская конфедерация имела целью преодолеть проблемы, которые возникли после заключения Люблинской унии и образования Речи Посполитой, у которой должен был быть единый король, но не было общей церкви.